【令和8年最新】事業承継・M&A補助金16次公募｜4つの枠の上限額・要件と加点10項目を徹底解説

16次公募の全体像と押さえるべき日程

事務局が公表する16次公募の日程は次のとおりです。公募要領の開示から申請締切までが約2か月、そこから補助金が実際に交付されるまでは1年以上を要します。

この日程から読み取るべき点は2つあります。第一に、補助金が実際に入金されるのは申請から1年近く先だということです。補助金は精算払いであり、事業者が先に自己資金で支出します。公募要領も、補助金交付までの間のつなぎ融資を検討する場合はできるだけ早めに金融機関に相談するよう促しています。

第二に、専門家との契約や設備の発注は交付決定日以降でなければ補助対象になりません。16次公募の交付決定は令和9年（2027年）1月下旬以降であり、申請から実際に動き出せるまで3か月以上のタイムラグが生じます。M&Aの交渉が先に進んでしまうケースでは、補助金の使い方そのものを組み替える必要があります。

制度の目的と4つの枠の全体像

事業承継・M&A補助金は、中小企業庁が所管する中小企業生産性革命推進事業の一つです。公募要領によれば、中小企業者及び個人事業主が事業承継、事業再編及び事業統合を契機とした取り組みを行う事業について、その経費の一部を補助することにより、事業承継・事業再編及び事業統合を促進し、生産性向上による我が国経済の活性化を図ることを目的としています。

補助の対象となる取組内容や経費の種類に応じて、「事業承継促進枠」「専門家活用枠」「廃業・再チャレンジ枠」「PMI推進枠」の4枠が用意されています。承継のどの局面にいるかによって使うべき枠が決まる構造であり、枠選択が申請の出発点となります。

この4枠は独立して存在しているわけではありません。廃業・再チャレンジ枠は他の枠との併用申請が可能であり、PMI推進枠のPMI専門家活用類型は専門家活用枠の買い手支援類型と同一公募回での同時申請が認められています。枠を組み合わせることで、承継の前段階から統合後までを切れ目なく補助対象にできる設計になっています。

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事業承継促進枠の要件と補助条件

事業承継促進枠は、5年以内に親族内承継・従業員承継等を予定している中小企業者及び個人事業主が、承継を契機として行う生産性向上に資する設備投資等を補助する枠です。承継が終わってから使う枠ではなく、これから承継する予定の企業が使う枠である点が最大のポイントです。

16次公募の補助上限額は800万円、公募申請時から補助事業期間終了時までに一定額以上の賃上げを実施する場合は1,000万円です。補助率は補助対象経費の2分の1以内で、中小企業基本法上の小規模事業者等に該当する場合は3分の2以内に引き上げられます。補助対象経費は、設備費、産業財産権等関連経費、謝金、旅費、外注費、委託費等です。

承継の内容と形態に関する要件

事業承継促進枠では、承継予定者・事業承継の内容・事業承継の形態のそれぞれに要件が設けられています。事業承継の内容としては、経営権・所有権のいずれもが被承継者から承継者に譲渡され、実質的な事業承継の実施が客観的に確認できることが求められます。したがって、経営権と所有権の移転を伴わない代表者の交代のみ、物品・不動産等のみを保有する事業の承継、グループ内の事業再編は、原則として補助対象外です。

また、公募申請前に、事業承継の蓋然性が高いことについて認定経営革新等支援機関等による確認を受け、事業承継計画に対する確認書の発行を受ける必要があります。公募開始後に支援機関を探し始めると、確認書の取得が締切に間に合わないおそれがあります。16次公募の締切は令和8年（2026年）11月6日であり、逆算すれば10月上旬には計画の骨格を固めておく必要があります。

生産性向上要件と承継のリアリティ

補助対象事業は、補助事業期間を含む5年間の補助事業計画において、生産性向上要件の達成が見込まれる取り組みである必要があります。生産性向上要件とは、承継予定の中小企業者等の「付加価値額」または「1人当たりの付加価値額」の伸び率が年3%の向上を含む計画を指します。付加価値額は、法人の場合は営業利益＋人件費＋減価償却費、個人事業主の場合は営業利益＋減価償却費＋福利厚生費＋給料賃金で算出します。

なお、事業承継促進枠のチラシでは、帝国データバンクの調査を引用し、承継先の内訳は親族承継と従業員承継で約7割を占めること、60代で後継者が決まっていない企業が約4割にのぼること、後継者を決めてから承継が完了するまで3年以上かかるケースが多いことが示されています。承継は決めてから完了までに時間がかかる取り組みであり、選択肢が残っているうちに着手することが賢明です。

専門家活用枠の4類型と補助上限額

専門家活用枠は、M&Aに伴い株式・経営資源を譲り受ける側か譲り渡す側かの立場に応じて、買い手支援類型（Ⅰ型）と売り手支援類型（Ⅱ型）に分かれます。これに買い手支援類型の100億企業特例と、15次公募から追加された小規模売り手支援類型を加えた4つの申請パターンが存在します。

売り手の補助率が3分の2に上がる2つの要件

売り手支援類型の補助率は原則2分の1以内ですが、次のいずれかに該当する場合は3分の2以内に引き上げられます。ひとつは物価高等の影響により営業利益率が低下している者、もうひとつは直近決算期の営業利益または経常利益が赤字の者です。

営業利益率の低下は、直近の事業年度と2期前の事業年度を通年で比較する方法と、直近の事業年度および申請時点で進行中の事業年度のうちそれぞれ任意の連続する3か月の平均を比較する方法のいずれかで判定します。該当を主張する場合、営業利益率低下に関する計算書と損益計算書等の提出が必要となり、要件はいずれか1つのみを選択します。補助率が2分の1か3分の2かで補助額は3割以上変わります。決算数値の確認は申請準備の初期に済ませておくべき論点です。

小規模売り手支援類型の位置づけ

小規模売り手支援類型は、小規模事業者等におけるM&Aを推進するため、ファイナンシャルアドバイザーや仲介業者等の専門家への手数料負担を軽減することを目的とした類型です。補助上限450万円、補助率3分の2以内で、補助下限額が設定されていない点が買い手支援類型・売り手支援類型と大きく異なります。小規模な案件では専門家費用の総額も小さくなるため、下限撤廃は実務的な意味を持ちます。

対象となる小規模事業者等は、製造業その他は従業員20人以下、商業・サービス業は従業員5人以下、サービス業のうち宿泊業・娯楽業は従業員20人以下の会社及び個人事業主です。従業員の基準を満たせば、医者（個人開業医）、会社法上の会社または有限会社である農業法人、個人農家も含まれます。

M&A支援機関登録制度と相見積のルール

専門家活用枠で仲介・ファイナンシャルアドバイザー業務の委託費が補助されるためには、M&A支援機関登録制度に登録された登録業者を活用することが条件です。登録の有無は交付決定時に確認されます。実績報告の段階で未登録業者を利用していたことが判明した場合、確定検査で当該経費は認められません。なお、デュー・ディリジェンス業務のみを行う士業等専門家は登録が不要ですが、支援内容が実質的に仲介業務等と同等と認められる場合は登録業者のみが対象となります。

経費面では相見積のルールも厳格です。補助対象経費は原則として2者以上からの見積取得が必須で、外注費・委託費・システム利用料・保険料については1件50万円未満であっても相見積が必要とされています。例外として、仲介・ファイナンシャルアドバイザー費用の見積額が譲渡額または移動総資産に基づくレーマン表により算出される報酬総額以下である場合には、関与専門家選定理由書を整備することで相見積が不要となります。

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PMI推進枠と廃業・再チャレンジ枠の使いどころ

PMI推進枠の2類型と対象期間

PMI推進枠は、M&A後に譲り受けた会社と自社を融合させる経営統合の取り組みを補助する枠です。PMI計画の策定やPMI実行に係る専門家活用費用を補助するPMI専門家活用類型（補助上限150万円）と、製造ラインやIT会計システムの統合等の設備投資を補助する事業統合投資類型（補助上限800万円、賃上げ要件を満たす場合1,000万円）の2類型があります。補助率はいずれも2分の1以内で、事業統合投資類型で小規模事業者等に該当する場合は3分の2以内です。

対象となるのは、公募申請受付終了時点でM&Aのクロージング日から3年を超えていない取組です。16次公募であれば令和8年（2026年）11月6日の時点で、クロージングから3年以内である必要があります。親族内の事業承継やグループ内の事業再編は補助対象外です。またデュー・ディリジェンスを実施している場合には加点されます。

PMIの取組事例として事務局が挙げているのは、経営会議・意思決定・事業計画づくりの一本化、基幹・会計・販売管理システムの統合、人事・労務・評価制度の統一などです。業種別には、製造業では生産ライン・在庫管理の統合や仕入先の集約、建設・運輸業では工程・車両・原価管理の一元化、サービス業では予約・顧客管理・会計の共通化が示されています。中小企業庁の調査でも、PMIを実施した企業ほどM&Aの成果を実感している傾向が示されています。

廃業・再チャレンジ枠の単独申請と併用申請

廃業・再チャレンジ枠は、M&Aによって事業を譲り渡せなかった中小企業者等の株主や個人事業主が、新たなチャレンジをするために既存事業を廃業する場合の経費を補助する枠です。当枠のみで申請する再チャレンジ申請（単独申請）と、他の枠と併せて申請する併用申請があり、要件が異なります。

実務上、活用しやすいのは併用申請です。16次公募の専門家活用枠公募要領でも、廃業・再チャレンジ枠との併用申請時の実績報告書類が、法人・個人事業主それぞれについて完全廃業と一部廃業に分けて規定されています。完全廃業の場合は閉鎖事項全部証明書または法人の異動届出書、一部廃業の場合は変更登記申請書・資産除去の証憑・取引先への廃業通知等から2点を提出する構成です。

加点事由10項目と得点の取りに行き方

専門家活用枠（買い手支援類型・売り手支援類型）の16次公募要領には、10項目の加点事由が定められています。いずれも該当することを証する書類の提出が必要です。加点の多くは事前の認定取得や制度利用が前提であり、申請直前に着手しても間に合いません。

小規模売り手支援類型の加点事由は、上記のうち小規模事業者等への該当を除いた9項目です。この類型ではそもそも小規模事業者等であることが応募要件であるため、加点項目からは外れています。

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14次公募の採択実績から読み取れること

事務局は令和8年（2026年）5月15日に14次公募の採択者を決定し、申請件数と採択件数を枠別に公表しています。16次公募の見通しを立てるうえで、直近で結果が公表されている14次の数値が最も参考になります。

読み取るべき第一の点は、枠ごとの採択率にほとんど差がないということです。事業承継促進枠60.9%、専門家活用枠60.2%、PMI推進枠62.8%と、いずれも60%台前半に収束しています。枠を変えれば通りやすくなるという性質の制度ではなく、計画の内容と要件充足の精度で差がつきます。

第二に、申請件数の構成比です。専門家活用枠が299件と全体の約58%を占め、事業承継促進枠が169件で約33%と続きます。M&Aに伴う専門家費用の補助ニーズが、設備投資の補助ニーズを上回っている実態が示されています。15次公募で小規模売り手支援類型が新設され、16次でも継続されている背景も、この申請動向と無関係ではありません。

なお、審査は資格要件の審査と書面審査の2段階で行われます。書面審査の着眼点は、買い手支援類型では経営資源引継ぎの計画が補助事業期間内に適切に取り組まれるものであること、財務内容が健全であること、買収の目的・必要性、買収による効果・地域経済への影響、買収実現による成長の見込みです。売り手支援類型では、計画の実行可能性、譲渡の目的・必要性、譲渡による効果・地域経済への影響が問われます。いずれの類型でも地域経済への影響が明示的な着眼点となっており、自社の取り組みが地域にどう波及するかを言語化できているかが分かれ目になります。

申請前に押さえるべき実務上の注意点

GビズIDプライムの取得は最優先

本補助金の申請にはGビズIDプライムアカウントが必要です。公募要領は、申請・発行に1週間から2週間程度、混雑時は3週間程度必要と明記しています。16次公募の締切は令和8年（2026年）11月6日ですので、未取得の場合は10月中旬までに手続きを終えておかなければ間に合いません。取得には印鑑証明書または印鑑登録証明書の原本、法人代表者印または個人事業主の実印を押印した申請書、代表者本人のメールアドレスとSMS受信可能な電話番号が必要です。

申請の入口で外れる事業者の類型

専門家活用枠の補助対象者には、見落とされやすい形式要件があります。法人の場合は申請時点で設立登記および3期分の決算・申告が完了していること、個人事業主の場合は開業届と青色申告承認申請書を提出した日から5年が経過していることが必要です。加えて、直近3年分の課税所得の年平均額が15億円を超える事業者、資本金5億円以上の法人に100%株式を保有される法人、みなし大企業やみなし同一法人に該当する場合は対象外です。社会福祉法人、医療法人、一般社団・財団法人、学校法人、各種組合も対象になりません。

経費の発生時期と支払方法

補助対象経費は、契約・発注が交付決定日以降かつ補助事業期間内であり、支払いまでが同期間内に完了している必要があります。見積は補助事業期間開始前でも構いませんが、発注以降のすべての工程が期間内でなければ補助対象外です。仲介・ファイナンシャルアドバイザー業務の委託契約を交付決定前に締結してしまう事例は毎回発生しており、これだけで補助金全額を失います。

支払方法にも制限があります。補助対象となるのは補助事業者名義の口座からの銀行振込またはクレジットカード1回払いのみです。口座から現金を引き出しての振込、現金払い、仮想通貨での支払い、PayPayやSuica等のキャッシュレスサービスでの支払いはいずれも補助対象外となります。

申請書類の作成代行と不正受給への対応

公募要領は、行政書士または行政書士法人でない者が申請者に代わって有償で申請の作成を行うことは行政書士法違反に該当する可能性があると明記しています。交付決定後に行政書士以外が申請の作成を行ったことが判明した場合、交付決定の取消となる可能性があります。支援者に依頼する場合は、その支援がどの範囲の行為にあたるのかを事前に確認する必要があります。なお、申請作成を行政書士に委任した際の費用は補助対象経費になりません。

不正受給への対応も厳格です。不正行為が認められた場合、交付決定を取り消したうえで、受領済の補助金に年10.95%の利率による加算金を加えた額の返還が求められます。あわせて事業者名と不正の内容が公表され、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律第29条から第32条に基づく刑事罰の可能性も規定されています。譲渡価額や専門家報酬の設定について外部の助言を受ける場面では、報酬体系の透明性と説明の一貫性を冷静にご判断ください。

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まとめ

よくある質問

Q1．16次公募はいつまでに何を準備すればよいですか。

Q2．15次公募から16次公募で変わった点はありますか。

Q3．すでに事業承継を終えた企業でも事業承継促進枠は使えますか。

Q4．株式の譲渡代金や買収価額は補助対象になりますか。

Q5．小規模売り手支援類型と通常の売り手支援類型は、どちらを選ぶべきですか。

Q6．M&Aの仲介業者はどこでもよいのですか。

Q7．補助事業期間内にM&Aが成立しなかった場合はどうなりますか。

Q8．PMI推進枠の2つの類型は同時に申請できますか。

Q9．相見積は必ず2者以上必要ですか。

Q10．採択された後、いつまで報告義務が続きますか。

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