【令和8年】中小企業成長加速化補助金3次公募｜上限5億円・締切10月29日・変更点を徹底解説

中小企業成長加速化補助金3次公募の全体像

中小企業成長加速化補助金は、将来の売上高100億円を目指す中小企業の大胆な設備投資を支援する制度です。賃上げへの貢献、輸出による外需獲得、域内の仕入を通じた地域経済への波及効果が大きい企業を政策的に後押しするという設計思想が、要件と審査基準の隅々にまで貫かれています。

3次公募の基本スペックは、1次・2次公募から大きくは変わっていません。まずは制度の骨格を数値で押さえておきます。

3次公募の基本情報

補助事業期間の「14か月以内〜24か月以内」という表記は、独立行政法人会計基準および関連規定に基づく予算執行可能期間を踏まえて調整される旨が注記されています。工場の新設や大型設備の導入を前提とした制度であるため、他の補助金と比べて事業期間が長く設定されている点が特徴です。

令和7年度補正予算では最後の公募となる見込み

3次公募の概要資料には、スケジュールの説明に続けて重要な記載があります。「令和7年度補正予算については、本3次公募をもって終了となる見込み」という一文です。今後については100億企業成長ポータルを通じて最新情報が随時提供されるとされていますが、少なくとも現時点で確定している公募機会は今回が最後になります。

この制度は補助上限5億円という規模から、工場の新設・増築、物流拠点の整備、自動化ラインの導入といった、企業の将来を左右する投資に紐づいて申請されるケースがほとんどです。「次回でもよい」と先送りできる性質のものではありません。設備投資構想が具体化している企業にとっては、今回の公募が意思決定の期限になると認識する必要があります。

制度の目的と「100億企業」政策における位置づけ

この補助金を正しく理解するためには、なぜ国が「売上高100億円」という具体的な数字を掲げているのか、その政策的背景を俯瞰する必要があります。公募要領の事業目的には、日本経済が賃上げ率・国内投資ともに30年ぶりの高水準にある一方で、多くの中小企業が物価高や人手不足といった経営課題に直面しているという現状認識が示されています。

なぜ売上高100億円が政策目標になっているのか

公募要領では、売上高が100億円に及ぶ企業について、一般的に賃金水準が高く、輸出による外需獲得やサプライチェーンへの波及効果も大きいため、地域経済に与えるインパクトが大きいと整理されています。経済の好循環を全国に行き渡らせるには、中小企業全体の「稼ぐ力」を底上げすることに加えて、地域にインパクトのある成長企業を創出することが重要であるという政策判断です。

言い換えれば、この制度は個社の設備投資を支援する制度ではなく、地域経済を牽引する成長企業を意図的に生み出すための制度です。この本質を理解しているかどうかが、投資計画書の説得力を大きく分けます。単に「生産能力が上がり売上が伸びます」という論理だけでは、審査基準の半分にしか答えていないことになります。

入口となる「100億宣言」の手続に要する時間

本補助金の申請時点で、申請者の「100億宣言」が100億宣言ポータルサイトに公表されている必要があります。100億宣言とは、中小企業の経営者が「売上高100億円」という目標を目指し、実現に向けた取組を行っていくことを宣言する仕組みです。企業理念・経営者メッセージ、売上高100億円実現の目標と課題、実現に向けた具体的措置といった内容を掲載します。

実務上きわめて重要なのは、100億宣言の公表に係る手続には通常2〜3週間を要するという点です。事務局も概要資料で、補助金申請を検討する場合は早めに100億宣言を進めるよう呼びかけています。締切間際に宣言手続を始めた場合、公表が間に合わず申請そのものができなくなります。

なお、100億宣言の申請数は、1次公募の申請締切時点（2025年6月9日）で1,517件、2次公募の申請締切時点（2026年3月26日）で3,091件と、1年足らずで倍増しています。宣言企業の母集団が拡大していることは、そのまま補助金申請の競争環境にも影響します。

補助対象者の要件と申請できない事業者の条件

補助対象者は、公募要領のⅠ（補助事業の要件）、Ⅱ（事業者の範囲）、Ⅲ（不支給要件）のいずれも満たす中小企業者であって、事業終了後の建物・設備等の管理・運営等に責任を持って実施できる者とされています。要件は多岐にわたるため、順に整理します。

補助事業の4要件

投資額の定義は正確に押さえる必要があります。1億円以上という水準は、あくまで建物費・機械装置費・ソフトウェア費のうち資産計上するものの合計で判定されます。外注費と専門家経費は投資額にカウントされないうえ、この2つの合計額は投資額未満でなければならないという上限規制もかかります。

また、事業実施場所が複数になる場合も応募対象となりますが、補助事業の目的・内容が一体的であることが必要です。交付決定後に事業実施場所を変更することは原則として認められません。さらに、既存の老朽化設備を入れ替えるなど生産能力等が向上しない投資、いわゆる更新投資は認められない点にも注意が必要です。

事業者の範囲と中小企業者の定義

中小企業等経営強化法第2条第1項各号に規定する中小企業者であることが前提となります。業種ごとの資本金・従業員数の基準は次のとおりです。

加えて、企業組合・協業組合・事業協同組合などの組合または連合会も対象に含まれます。一方で、これらに該当しない組合や、財団法人（公益・一般）、社団法人（公益・一般）、医療法人、社会福祉法人、法人格のない任意団体は補助対象外です。

中小企業者の定義に加えて、次の条件も満たす必要があります。売上高が10億円以上100億円未満であること、収益事業を行っていること、国内金融機関に口座を有し日本円で精算できること、そして公募開始日時点において確定している直近過去3年分の課税所得の年平均額が15億円を超えていないことです。

みなし大企業とみなし同一法人の判定

グループ企業や資本関係のある企業にとって、実務上最も注意を要するのがこの論点です。みなし大企業に該当する場合、中小企業者の定義を満たしていても対象外となります。判定基準は、発行済株式総数または出資価格総額の2分の1以上を同一の大企業が所有している、3分の2以上を大企業が所有している、大企業の役員または職員を兼ねている者が役員総数の2分の1以上を占めている、といった内容です。

みなし同一法人については、親会社が議決権の50％超を有する子会社が存在する場合、親会社と子会社は同一法人とみなされ、いずれか1社の申請しか認められません。個人が複数の会社それぞれの議決権を50％超保有する場合も同様です。さらに、代表者が同じ法人についても同一法人とみなされ、そのうち1社の申請しか認められません。補助金を目的に主要株主や出資比率を変更して申請することも認められないと明記されています。

不支給要件に該当する事業

公募要領には14項目の不支給要件が列挙されています。実務上とくに確認すべきものを挙げると、具体的な補助事業の実施の大半を他社に外注または委託し企画だけを行う事業、実質的に労働を伴わない事業や専ら資産運用的性格の強い事業、購入した設備を自ら事業の用に供することなく特定の第三者に長期間貸与させる事業、補助事業が1次産業（農業・林業・漁業）である事業などです。

賃上げに関連する不支給要件も設けられています。主として従業員の解雇を通じて賃上げ要件を達成するような事業、補助事業期間に限って従業員数の削減を行い期間終了後に増員を行うなど専ら対象事業者となることを目的として従業員数等を変更していると認められた事業は、いずれも不支給となります。制度の趣旨を形式的に潜脱する行為は明確に排除されているということです。

また、国庫および公的制度からの二重受給となる事業も対象外です。これまでに交付決定を受けた、あるいは現在申請している補助金・委託費等の実績は必ず申請書に記載する必要があり、記載がない場合は不採択となる可能性があると明記されています。

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賃上げ要件の詳細と補助金返還のリスク

本補助金の要件のなかで、最も慎重な設計を要するのが賃上げ要件です。単なる努力目標ではなく、未達成の場合には未達成率に応じた補助金返還が制度として組み込まれているためです。5億円という補助額の大きさを考えれば、返還リスクの評価は投資判断そのものに直結します。

基準年度と最終年度の定義

賃上げ要件は、基準年度の「従業員1人当たり給与支給総額」と比較した最終年度の同数値の年平均上昇率が、基準率である4.5％以上であることを求めるものです。基準率4.5％は、全国における直近5年間（2020年度を基準とし、2021年度から2025年度までの5年間）の最低賃金の年平均上昇率に由来します。

3次公募では、この基準年度と最終年度の定義が公募要領上で明文化されました。基準年度とは補助事業の完了した日の属する事業年度をいい、当該事業年度が12か月に満たない場合は次の12か月の期間を有する事業年度を基準年度とします。最終年度とは基準年度から3事業年度目の事業年度をいい、基準年度から3事業年度後までの期間に12か月に満たない事業年度がある場合、その年度を除いた3事業年度後を最終年度とします。

年平均上昇率の計算式は、最終年度の数値をA、基準年度の数値をBとして、（A÷B）の3分の1乗から1を引いた値が基準率以上であること、と定義されています。たとえば基準年度の1人当たり給与支給総額が500万円、最終年度が581万円であれば、年平均上昇率は約5.1％となり基準率4.5％を上回ります。

「給与支給総額」か「1人当たり給与支給総額」かの選択

1人当たり給与支給総額の年平均上昇率が基準率以上であることを満たしたうえで、目標として「従業員の給与支給総額」を掲げるか「従業員の1人当たり給与支給総額」を掲げるかは、応募申請時に選択します。申請後の変更はできません。

給与支給総額を選択した場合、達成が必要な条件は2つになります。1つは基準年度と比較した最終年度の1人当たり給与支給総額の年平均上昇率が基準率4.5％以上であること、もう1つは給与支給総額の年平均上昇率が応募申請時の目標以上であることです。増員を伴う成長計画では給与支給総額の伸びを示しやすい一方、1人当たりの水準も同時に問われる構造になっている点を理解しておく必要があります。

補助金返還となる4つのパターン

天災など事業者の責めに帰さない理由がある場合は返還を求められません。また、補助金返還となった場合も事業者名は公表されないことが概要資料に明記されています。給与支給総額の確認方法は、法人の場合は従業員の賃金台帳の提出を求め、記載された金額で判断されます。

審査で評価される「足下の賃上げ」

3次公募でも、補助事業完了後の賃上げに加えて、工場の建設や設備の導入といった補助事業の完了を待たずに実施する「足下の賃上げ」が評価対象とされています。公募要領には、最低でも応募申請時の直近決算期から基準年度までの1人当たり給与支給総額の年平均上昇率が物価上昇率を上回る程度の賃上げが達成されない計画の場合は、審査上大幅に不利になると明記されています。

足下の賃上げについては、採択後交付決定までの間に従業員への表明が必須とされ、補助事業期間中の賃上げ実績はモニタリングの対象となります。2次公募の実績値では、採択者・申請全体ともに足下の賃上げの中央値は3.0％でした。投資が売上に貢献し始める前の期間においても賃上げを継続できるかどうかが、実質的な選別要素になっているということです。

補助対象経費の区分と対象外となる経費

補助対象経費は、事業拡大につながる事業資産（有形・無形）への相応の規模の投資を含むものであり、本事業の対象として明確に区分できるものである必要があります。対象経費は、交付決定を受けた日付以降に発生かつ契約（発注）を行い、補助事業期間内に納品・検収・支払等の手続がすべて完了したものに限られます。

5つの経費区分

専門家の謝金単価は、大学教授・弁護士・弁理士・公認会計士・医師が1日5万円以下、准教授・技術士・中小企業診断士・ITコーディネータが1日4万円以下、それ以外が1日2万円以下と定められています。また、外注費と専門家経費の合計額は、建物費・機械装置費・ソフトウェア費の合計経費未満でなければなりません。

見落としやすい対象外経費

対象外経費のなかで、大型投資案件において混同されやすいものを挙げます。再生可能エネルギーの売電を行うための発電設備および一体不可分の附属設備、事務所等にかかる家賃・保証金・敷金・仲介手数料・光熱水費、各種保険料、借入金の支払利息、公租公課などです。

加えて、事業にかかる自社の人件費（ソフトウェア開発等）、同一代表者・役員が含まれている事業者やみなし同一法人内の事業者・資本関係がある事業者への支払、同一企業の部署間の支払も対象外です。機械装置等の社内発注・社内製造も同一法人内における支払とみなされ対象外となります。自社グループ内で製造機能を持つ企業では、この点が経費計上の可否を大きく左右します。

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2次公募からの主な変更点

事務局は3次公募の公募要領とあわせて、2次公募からの変更箇所を明示した対照版を公表しています。制度の骨格に大きな変更はないものの、賃上げ要件の定義と経費区分の運用に関わる改訂が入っており、いずれも実務に影響します。

外注費・専門家経費の限定が意味すること

実務上、最も影響が大きいのは外注費と専門家経費の定義変更です。2次公募では「補助事業遂行のために必要な」経費という広い表現が用いられていましたが、3次公募では「補助対象となる建物・機械装置・ソフトウェアの取得のために必要な」経費へと明確に限定されました。

この変更により、資産取得と直接結びつかない周辺業務の外注や専門家活用は、対象経費として計上しにくくなったと整理されます。経費計上の設計段階から、各費目が「どの資産の取得に、どのように必要か」を説明できる構成にしておくことが求められます。

あわせて、外注費の注記にあった「機械装置の製作を外注する場合は機械装置費に計上してください」という記載も削除されています。ただし、建物・機械装置・ソフトウェアの設計等を外注し、減価償却資産として資産計上する場合は、外注費ではなく該当する経費区分に計上する旨の記載は維持されています。

売上高投資比率の分母・分子の明確化

審査基準における「企業の収益規模に応じたリスクをとった投資となっているか」という評価軸について、括弧書きが「本補助事業を含む」から「本補助事業に限る」に変更されました。これは、評価対象となる設備投資額が本補助事業に係るものに限定されることを意味します。

2次公募の実績値では、売上高投資比率（最新決算期の全社売上高に対する補助事業全体に要する経費の割合）の中央値は、採択者が54.7％、申請全体が38.5％でした。自社の売上規模に対してどれだけ思い切った投資を行うかが、そのまま評価に直結する構造になっていると理解するのが実態に近い見方です。

2次公募の結果が示す採択ラインの実像

3次公募の概要資料には、参考資料として2次公募の結果概要が詳細に掲載されました。採択者と申請全体の各指標を比較できる形でデータが公表されており、これは申請準備における事実上のベンチマークとして活用できます。

採択倍率の推移

1次公募は申請1,270件に対し採択211件で、採択倍率は約6.0倍。2次公募は申請872件に対し採択224件で、採択倍率は約3.9倍でした。申請件数が減少し採択件数が増加したことで、倍率は緩和しています。ただし4件に1件しか採択されない水準であり、依然として競争は厳しいと認識する必要があります。

採択者と申請全体の主要指標比較

このデータから読み取れることは明確です。採択者は、成長性の3指標（売上高成長率・付加価値増加率・労働生産性成長率）と投資の思い切りの良さ（売上高投資比率）において、申請全体を明確に上回っています。売上高成長率で約4.5ポイント、付加価値増加率で約6.4ポイント、売上高投資比率では約16ポイントもの差がついています。

興味深いのは、最新決算期の売上高の中央値が採択者20.5億円に対し申請全体26.9億円と、採択者のほうが企業規模が小さい点です。一方で補助事業全体に要する経費は採択者のほうが大きい。つまり、規模が小さくても大胆な投資に踏み切り、高い成長率を描いた企業が選ばれているという構図です。売上規模の大きさそのものは有利に働いていません。

財務の健全性も明確に差が出ている

EBITDAマージン（採択者9.4％対申請全体6.8％）、自己資本比率（43.8％対34.4％）、ROA（5.1％対3.7％）と、収益性・安全性のいずれの指標でも採択者が上回っています。審査基準に「補助事業を適切に遂行できる財務状況が十分に確保されているか（ローカルベンチマークによるスコアリング）」が明示されているとおり、財務体質は明確な評価項目です。

なお、2次公募の採択者における「金融機関による確認書」の提出率は100％でした。確認書の提出は公募要領上「該当者のみ」の任意書類ですが、実態としては採択者全員が金融機関の確認書を提出していることになります。5億円規模の投資に対して金融機関のコミットメントが得られていない計画は、実現可能性の観点から評価されにくいと理解するのが自然です。

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申請から採択までのスケジュールと提出書類

3次公募のスケジュールは、申請から採択結果の公表まで約5か月を要する長期戦です。2段階の審査を経るため、申請後も準備すべきことが残ります。

提出書類の一覧

ファイル名は事務局が指定する形式に変更したうえで提出する必要があります。また、Jグランツ上では30MBを超える容量のファイルは提出できません。提出書類に不備（必要書類の欠落や記入漏れ等）があった場合は、その内容に関わらず審査の対象とならないと明記されています。

プレゼンテーション審査における重要な制約

2次審査は、地域ブロック単位で開催される審査会で、提出された申請資料を用いて申請企業の経営者自身がプレゼンテーションと質疑応答を行います。経営者の出席・説明は必須であり、なされない場合は審査上不利になる可能性があるとされています。ここでいう経営者とは「代表取締役社長・会長等の代表権を有している方」です。

きわめて重要な制約として、主たる申請者・共同申請者以外（外部コンサルティング会社等）のプレゼンテーション審査への同席は認められません。外部コンサルティング会社等の関係者が経営顧問などの形で同席することも認められず、発覚した場合には不採択または交付決定の取消となる場合があるとされています。ただし、金融機関による確認書を提出した申請者については、当該金融機関の担当者等の同席が可能です。

この制度設計が意味するのは、投資計画書を外部に丸投げして作成した企業は2次審査で必ず露呈するということです。経営者自身が計画の数字の根拠、実現のための仕組み、人材確保の手段を自分の言葉で語れなければ通過できません。支援者の役割は、経営者の構想を整理し、論理を補強し、経営者が語れる状態をつくることに限られます。

審査基準の読み解き方と審査員が見ているポイント

審査は「経営力」「波及効果」「実現可能性」の3つの柱で構成され、合計10の観点から定量的・定性的に評価されます。投資計画書の章立ては、この審査基準に対応させて設計するのが基本です。

波及効果の項目では、地域未来牽引企業の選定、健康経営優良法人の認定、パートナーシップ構築宣言の実施、事業継続力強化計画の認定取得、えるぼし認定、くるみん認定などが具体例として挙げられています。取得は必須ではないものの、審査の参考とされる旨が明記されています。事業継続力強化計画のように比較的短期間で認定を取得できるものは、申請前に整えておく価値があります。

審査員が実際に指摘しているポイント

3次公募の概要資料には、過去の審査を担当した審査員の感想が掲載されています。公募要領の抽象的な審査基準を、実際の審査でどう読み替えているかが示された貴重な情報です。

経営力については、社長の考えや経験則が投資計画に落とし込まれており、社長自身の言葉でさまざまな質問にブレずに答えられているか、経営シナリオが「絵に描いた餅」になっていないか、数字の根拠・実現するための仕組み・人材確保等の手段のすべてがシンクロしているかが挙げられています。さらに、自社の投資対象のテーブルに乗ることが前提であり、補助金が取れなければ何もしない「補助金ありき」となっていないかという視点も明示されています。

また、国内市場だけで100億円到達は現実的ではないため、可能な限り早く輸出やM&Aによる販路拡大、バリューチェーン構築などの打ち手を講じているかという指摘もあります。実現可能性については、市場分析の解像度の高さ、事業のダウンサイドリスクを含めたアセスメント、単一事業・ワンショットの投資ではない成長投資と賃上げを持続できるエコシステムの描写が求められています。

金融機関のコメントについても、プラス面ばかりではなく課題面も把握し、経営者とともにどのように解決しようとしているかが見られています。確認書を形式的に取得するだけでは評価につながらないということです。

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共同申請とリース会社の活用

事業者単独での申請が原則ですが、共同申請（コンソーシアム）により一層の相乗効果を発揮できる場合などには、複数事業者での申請が認められます。共同申請する場合は、共同申請者全者が事業者の範囲を満たす必要があり、100億宣言および賃上げ要件は原則として各者で対応することが求められます。

また、参加企業のなかに投資額5千万円以上（専門家経費・外注費を除く補助対象経費分）の中小企業者を少なくとも1者以上含むことが必要です。

リースを活用する場合、補助対象はリース会社が購入した設備機械装置であり、リース料を構成する手数料・保険料等は対象になりません。リース料から補助金相当分が減額されていることを証明できる書類の提示が必要で、契約期間は導入設備の減価償却期間（複数の場合は最長のもの）以上とする必要があります。なお、割賦契約はリースに含まれません。

中堅等大規模成長投資補助金との使い分け

3次公募の概要資料には、参考情報として中堅等大規模成長投資補助金（100億宣言枠）に関する記載があります。中堅・中小企業が賃上げに向けた省力化等による労働生産性の抜本的な向上と事業規模の拡大を図るための大規模投資を支援する制度で、新規公募分として基金2,000億円が措置され、100億宣言企業向けにそのうち1,000億円程度が確保されるとされています。

中堅等大規模成長投資補助金は中小企業成長加速化補助金とは別事業であり、準備が整い次第、当該補助金事務局から案内されるとされています。投資額が15億円を超える規模の構想を持つ企業は、補助率2分の1・上限5億円の成長加速化補助金と、補助率3分の1・上限50億円の大規模成長投資補助金のどちらが有利かを、投資総額と資金調達計画から試算して判断する必要があります。

単純計算すると、投資額15億円の場合、成長加速化補助金では上限に張り付いて5億円、大規模成長投資補助金では5億円となり同額です。それを超える投資規模であれば大規模成長投資補助金のほうが補助額は大きくなります。ただし公募時期や採択見込みが異なるため、投資実行のタイミングとあわせた検討が欠かせません。

締切から逆算した準備の実務ステップ

3次公募の締切は令和8年（2026年）10月29日15時です。本記事執筆時点から約2か月強しかありません。40ページの投資計画書、ローカルベンチマーク、金融機関との調整を並行して進める必要があるため、着手順序を誤ると間に合いません。

数値の平仄が最も事故を起こしやすい

公募要領には、様式1・様式2・様式3と確定した決算資料の数値の平仄を合わせることが繰り返し記載されています。40ページの投資計画書と、Excelの別紙、ローカルベンチマーク、そして3期分の決算書。これらの間に一箇所でも数値の不整合があれば、書面審査の段階で計画全体の信頼性が疑われます。

とくに賃上げ計画の数値は、様式1の記述、様式2の計算、そして交付決定までに従業員へ表明する内容のすべてで一致している必要があります。単位の指定（億円・万円・％）にも注意が必要です。提出前に、複数人による相互チェックの時間を必ず確保することが重要です。

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まとめ

中小企業成長加速化補助金は、補助上限5億円という規模の大きさに目が向きがちですが、制度の本質は補助金額ではありません。売上高100億円という目標に向けて、経営者が自らの言葉で語れる成長シナリオを持ち、それを裏付ける投資と賃上げを実行できるかが問われる制度です。審査員の感想に示された「補助金が取れなければ何もしないとなっていないか」という視点は、この制度の性格を端的に表しています。

現行予算での最後の公募となる見込みである以上、投資構想を持つ企業にとっては今回が判断の期限です。準備期間は限られていますが、着手順序を誤らなければ間に合う水準にあります。

よくある質問

Q1．売上高が10億円に届いていない場合、申請できませんか。

Q2．100億宣言はいつまでに公表されていればよいですか。

Q3．投資額1億円には、コンサルティング費用や設計費用も含められますか。

Q4．老朽化した設備の入れ替えは対象になりますか。

Q5．賃上げ目標は「給与支給総額」と「1人当たり給与支給総額」のどちらを選ぶべきですか。

Q6．金融機関による確認書は必ず提出しなければなりませんか。

Q7．申請支援を受けたコンサルタントは、プレゼン審査に同席できますか。

Q8．他の補助金と併願することはできますか。

Q9．採択された場合、いつから発注や契約ができますか。

Q10．採択後はどのような報告義務がありますか。

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