【令和8年9月最新】持続化補助金 災害支援枠（熊本地震）1次公募｜上限200万円・締切10月16日・対象経費を解説

令和8年熊本地震と災害支援枠の位置づけ

令和8年熊本地震は、気象庁の発表によれば令和8年（2026年）7月28日16時27分頃、熊本県熊本地方を震源として発生し、最大震度7を記録しました。政府は「令和8年熊本地震による災害についての特定非常災害及びこれに対し適用すべき措置の指定に関する政令」（令和8年政令第260号）により、本災害を特定非常災害に指定しています。

災害支援枠は、通常の持続化補助金とは別に設けられた枠です。公募要領は、被災地域において生産設備や販売拠点の流出・損壊、顧客や販路の喪失という状況に直面している小規模事業者の事業再建を支援するものと位置づけています。同じ持続化補助金の名前を持ちながら、通常枠が「販路開拓」を軸にしているのに対し、災害支援枠は「事業再建」を軸にしている点が根本的な違いです。

「復旧費の補填」ではないという制度の性格

公募要領は、事業再建とは関係のない復旧・買換え費用に対する補助ではないと明記しています。ただし、損壊等の被害を受けた事業用資産の取替え・買換えは対象となります。つまり、被災した設備を入れ替えること自体は認められるものの、その入れ替えが「これから事業をどう立て直すか」という計画のなかに位置づけられている必要があります。

あわせて、本事業の完了後おおむね1年以内に売上げにつながることが見込まれる取組であることも要件とされています。試作品開発のみで販売の見込みにつながらない事業は対象外と例示されており、再建の道筋を売上げまで描けているかどうかが問われます。

補助対象となる事業者｜直接被害と間接被害の分かれ方

補助対象となるのは、熊本県に所在し、令和8年熊本地震により被害を受けた小規模事業者等です。被害の証明については、公的証明の添付（コピー可）が必要とされています。被害の受け方は次の2区分に分かれ、この区分がそのまま補助上限額の違いになります。

「所在する」の考え方

「所在する」とは、補助を受けて取り組もうとする事業再建を行う事業所（店舗・工場・事務所等）が被災地域内にあることを意味します。登記簿上の本店所在地が県外でも、実際の事業所が県内にあれば対象となり得ます。逆に、登記簿上の本店が地域内にあっても地域内に事業所を有さない場合は対象になりません。なお、やむを得ない理由により現地での復旧が困難な場合には、被災地域外での補助事業も支援の対象になると示されています。

小規模事業者の従業員数基準

この災害支援枠では、業種の判定に独自の配慮があります。被災にともない事業内容が大きく変化していることも予想されるため、現に行っている事業の業態と、再建後に予定している業態によって業種を判定するとされています。公募要領は、客席部分が損壊した食堂が、損壊を免れた厨房で弁当を製造してスーパー等で販売している場合、「製造業その他」となる例を挙げています。

対象にならない事業者

医師・歯科医師・助産師、系統出荷による収入のみである個人農業者、一般社団法人・公益社団法人、医療法人、社会福祉法人、学校法人、宗教法人、農事組合法人、任意団体などは対象外です。また、令和8年熊本地震の発生時点において事業を行っていない創業予定者も対象外とされています。開業届を提出済みであっても、開業日が申請日より後の場合は該当しません。

特定非営利活動法人は、法人税法上の収益事業を行っていること、認定特定非営利活動法人でないことの2要件を満たす場合に限り対象となり得ます。この場合の従業員基準は「製造業その他」（20人以下）が適用されます。

補助率・補助上限額と「定額」となる要件

補助率が定額となるのは、直接被害を受けた事業者のうち、次の5つの要件をすべて満たす場合に限られます。過去の災害からの復興途上で今回さらに被災した事業者を、重点的に支える設計になっています。

要件1に新型コロナウイルス感染症の影響が置かれているのは、この定額区分が「コロナ禍と過去の災害を経て、なお復興途上にあるところに今回の地震が重なった事業者」を想定しているためです。ただし、休業していたこと等によりコロナの影響を受けていないことが明らかな場合は、要件1を適用しないとされています。あわせて、この場合は要件3①のかっこ書き（災害の発生日が令和2年1月28日以降のものは同日を起算日とする読替え）も適用しないこととされています。

要件3の「厳しい債務状況」については、株式会社整理回収機構への債権譲渡先との取引関係、過剰債務の状況、中小企業活性化協議会等の関与のもとでの再生、条件変更の実施など、別表で7つの類型が示されています。過剰債務の判定基準としては、債務超過、繰越欠損の計上、有利子負債の償還年数15年以上といった具体的な計算式も定められています。要件1から要件5はすべてを満たすことが条件であり、ひとつでも欠ける場合の補助率は原則どおり3分の2以内となります。

なぜ要件にコロナが入っているのか

地震の補助金にコロナの要件が出てくることに違和感を持たれるかもしれません。この5要件は熊本のために新しく作られたものではなく、先行する災害支援枠（令和6年能登半島地震等）から引き継がれた条文です。能登の公募要領および中小企業庁の令和6年度補正予算資料にも、直接被害を受けた事業者のうち以下の要件をすべて満たす場合は定額として、1に新型コロナウイルス感染症の影響を受けた事業者、2に過去の災害で事業用資産が被災し当時の国等の支援策を活用した事業者、という同じ並びが置かれています。売上20％減の起算日を令和2年1月28日とする読替えも共通です。熊本版は「過去数年以内」という表現を「過去十か年度以内」と明確化し、災害名と日付を差し替えた構造になっています。

要件の並びを時系列で読むと、設計の意図が見えてきます。コロナ禍で経営が傷み、その後の災害で被災し、復旧のための借入を抱えたまま、今回さらに被災した。この積み重なった状態にある事業者を対象に、例外的に自己負担なしの定額とする、という組み立てです。令和2年1月28日という日付は、コロナが指定感染症に指定された政令の日であり、時間軸の基準点として使われています。要件3①のかっこ書きは、コロナ以降に発生した災害については売上20％減の判定をこの日から見る読替えであり、コロナで既に落ち込んでいた売上を基準にしない配慮と整理されます。

実務上押さえておきたいのは、要件1は絞り込みの実質ではないという点です。令和2年時点で事業を営んでいれば何らかの影響を受けているのが通常であり、公募要領も、影響を受けていないことが明らかな場合には要件1を適用しないと定めています。定額適用の実質的な壁は、要件2と要件4、すなわち過去十か年度以内の激甚指定災害で事業用資産が被災し、当時の国等の支援策を実際に活用し、その復旧債務が現在も残っていることのほうです。

熊本県においては、この条件が想定外の話ではありません。令和2年7月豪雨で被災し、当時の補助金や融資を活用して再建を進め、その借入が残っている事業者が現に存在します。そこに令和8年熊本地震が重なった層を救うための条文だと理解すると、要件の並びに筋が通ります。

補助対象となる経費と、対象外になる経費

災害支援枠の対象経費は11区分です。通常の持続化補助金にはない修繕費と車両購入費が含まれている点が、この枠の実務上の大きな特徴です。

修繕費と委託・外注費の切り分け

実務で判断に迷いやすいのが、修繕費と委託・外注費の区分です。公募要領は、被災直前の状態に戻すことを目的とした経費は修繕費、改良・改装を目的とした経費は委託・外注費と整理しています。被災した看板の建て替えは修繕費、店舗改装工事は委託・外注費です。同じ工事業者への発注であっても、目的によって計上先が変わる点に注意が必要です。

また、建物の増築・増床や小規模な建物の設置は、外気分断性・土地への定着性・用途性の3要件をすべて満たす場合、「不動産の取得」に該当するものとして対象外になります。逆に、支柱と屋根材のみのテラス席やカーポートのように周壁のないものは、この3要件を満たさないため不動産の取得には該当しません。

交付決定前の経費を遡って認める特例

補助金は、原則として交付決定日以降に発注・契約・支払を行った経費のみが対象です。しかし今回の公募では特例として、令和8年7月28日の被災日以降、交付決定前に行われた事業により発生した経費についても、適正と認められる場合には遡って補助対象経費として認めるとされています。

ただし、写真や書類等による確認が可能であって適正と認められるものに限られ、実施時に取得した見積書等（相見積を含む）の提出も必要です。被災直後にやむを得ず発注した修繕についても、見積書・請求書・領収書・施工前後の写真が残っていなければ立証が難しくなります。

スケジュールと申請手続きの流れ

第2回公募については、第1回公募の受付締切後に持続化補助金ホームページ上で案内される予定と示されています。今回の第1回公募に間に合わない場合でも、次の機会が想定されている点は押さえておくとよいでしょう。

手続きの順序は「商工会・商工会議所が先」

申請の流れは、補助金事務局に申請する前に、経営計画書（様式2）の写しを地域の商工会・商工会議所の窓口に提出し、支援機関確認書（様式3）の作成・発行を依頼するところから始まります。様式3の発行受付締切は10月9日で、これ以降の発行依頼はいかなる理由があってもできないと明記されています。

また、様式3の発行にあたっては、申請者本人に事業計画の内容や提出書類の過不足について確認が行われます。公募要領は、社外の代理人のみで商工会・商工会議所へ相談や様式3の発行依頼等を行うことはできないと定めています。この制度は、事業者自身が窓口に足を運ぶことを前提に組み立てられています。

商工会地区と商工会議所地区で窓口が異なる

持続化補助金は、事業所の所在地によって商工会地区と商工会議所地区に分かれ、事務局も申請先も異なります。商工会地区は株式会社ニューズベース、商工会議所地区は株式会社日本経営データ・センターが事務局を担当しています。申請書類一式の提出先を誤ると受理されないため、まず自社がどちらの地区に該当するかを確認することが出発点になります。

電子申請にはGビズIDプライムが必要

電子申請システム（Jグランツ）を利用するには、GビズIDプライムまたはGビズIDメンバーのアカウントが必要です。アカウントの取得には数週間程度を要するため、未取得の場合は早めの登録が求められます。暫定GビズIDプライムアカウントは使用できません。郵送での申請も受け付けられていますが、その場合はCD-ROMやUSBメモリ等の電子媒体に保存した電子データの同封が必要で、電子媒体の送付がないと採択審査ができないとされています。

申請に必要な書類

申告・納付等の期限延長により一度も確定申告を行っていない個人事業主については、発災時点で開業していることがわかる開業届の写しと、開業以降の売上発生を証する台帳等での代替が認められています。被災により帳簿類そのものを失っている場合は、地域の商工会・商工会議所を通じて事務局に確認するのが現実的な進め方です。

審査の観点と、計画書で問われること

採択審査は、有識者等により構成される審査委員会が非公開で行います。提案内容に関するヒアリングは実施されないため、提出書類だけで判断されます。審査は基礎審査と計画審査の2段階です。

注目すべきは、計画審査の観点に「令和8年熊本地震による被害の程度」が明示的に含まれていることです。通常枠の持続化補助金にはない観点であり、被害の実態をどれだけ具体的に伝えられるかが評価に直結します。罹災証明書の区分だけでなく、どの設備がどう使えなくなり、その結果どの業務が止まり、売上にどう影響したかを、事実として整理して記載することが求められます。

基礎審査の「申請者自身が主体的に活動する取組であること」も重い要件です。公募要領は注意事項として、事業者自らが検討しているような記載が見られない場合や、自らが検討していなかったことが発覚した場合、評価に関わらず不採択・交付決定取消となると明記しています。

申請前に知っておきたい注意点

第三者からの支援は金額まで申告する義務がある

公募要領は、事業計画の検討に際して第三者の支援を受ける場合、提供するサービスの内容と乖離した高額なアドバイス料金を請求する業者に注意するよう呼びかけています。そのうえで、支援料金の支払いの有無にかかわらず、商工会・商工会議所を除く第三者からのアドバイスを受けている場合は、相手方および着手金・成功報酬その他名目を問わない金額を様式2に記載する義務があると定めています。記載がない場合は虚偽の報告として不採択・交付決定取消となります。

さらに、不当な支援料の請求を防止する観点から、第三者支援者に対してヒアリングや現地調査が行われる場合があるとも示されています。支援を受けるかどうかは事業者の判断ですが、報酬体系が明示されているか、金額が業務内容に見合っているかは、契約前に確認しておくべき点です。

GビズIDのアカウント情報を第三者に渡さない

第三者の支援者等にGビズIDプライムまたはGビズIDメンバーのアカウントおよびパスワードを開示することは、GビズIDの利用規約第11条に反する行為とされています。代理入力を持ちかけられた場合でも、アカウント情報そのものを渡すことは避けるべきです。

補助金は後払いで、自己負担が生じる

補助金は事業実施後の精算払いです。設備の購入や工事の代金は、いったん事業者が全額を支払う必要があります。補助率が3分の2であれば、残りの3分の1は自己負担です。被災直後の資金繰りを考えると、この立替期間をどう乗り切るかが実務上の最大の論点になります。日本政策金融公庫の災害復旧貸付やセーフティネット保証といった融資制度との組み合わせを、あわせて検討することが現実的です。

採択後にも守るべき義務が続く

単価50万円（税抜）以上の機械装置等や車両、外注による自社ウェブサイトの作成、店舗改装による不動産の効用増加は処分制限財産に該当し、補助事業終了後も一定期間は処分が制限されます。補助事業関係書類は事業終了日の属する年度の終了後5年間の保存義務があります。また、補助金は補助金の額の確定を受けた事業年度における収益として計上するものであり、法人税・所得税の課税対象となります。固定資産の取得等に充てた場合には圧縮記帳の適用が可能とされています。

まとめ

よくあるご質問

Q1．罹災証明書がまだ手元に届いていません。申請できますか。

Q2．在庫が水濡れで使えなくなりました。これは直接被害になりますか。

Q3．地震直後に自費で店舗を修繕しました。後から補助対象にできますか。

Q4．被災した配達用の車が廃車になりました。買い替え費用は対象になりますか。

Q5．修繕費と委託・外注費は、どう使い分ければよいですか。

Q6．ホームページの作り直しだけで申請できますか。

Q7．商工会と商工会議所、どちらに相談すればよいか分かりません。

Q8．過去に持続化補助金を受けたことがあります。今回も申請できますか。

Q9．補助金はいつ受け取れますか。先に資金を用意する必要がありますか。

Q10．申請書類の作成を業者に依頼した場合、何か申告が必要ですか。

ご相談について