【令和8年度】東京都ゼロエミ省エネ設備導入支援事業｜助成率3/4・上限4,500万円の要件と申請実務を徹底解説

制度が生まれた背景と政策的意義

この制度の設計思想を理解するには、東京都が置かれているCO2排出構造を把握する必要があります。募集要項によれば、都内の温室効果ガス排出量の約90%は二酸化炭素であり、そのほとんどがエネルギーの消費に伴って発生するエネルギー起源CO2です。これを部門別に見ると、業務・産業部門が排出量全体の半分近くを占めています。

問題はその内訳です。業務・産業部門の排出のうち、総量削減義務の対象である大規模事業所からの排出はおよそ4割にとどまります。残るおよそ6割は、都内に約63万存在する中小規模事業所からの排出です。大規模事業所には条例に基づく削減義務がかかる一方、中小規模事業所には義務がありません。義務を課さずにこの6割をどう動かすかという課題に対する、東京都の回答が本事業です。

仕組みとしては、東京都が原資を公益財団法人東京都環境公社に出えんして基金を造成し、公社が基金を原資として助成を行う形をとっています。事業の実施年度は令和5年度（2023年度）から令和8年度（2026年度）までとされ、助成金の交付は令和9年度（2027年度）まで続きます。つまり令和8年度は、現行スキームにおける最終年度にあたります。

助成率と上限額を決める3つの申請区分

本事業の助成額は、単一の料率ではなく3つの申請区分に分かれています。どの区分で申請するかによって、助成率が3分の2か4分の3か、上限額が1,000万円か2,500万円か4,500万円かが決まります。この区分選択が、本制度における最初にして最大の戦略的判断です。

実務上の判断は、まず工事規模から入ります。助成対象経費が1,500万円を下回る規模であれば、自己計画区分の上限1,000万円に届かないため、省エネ診断を待ってまで区分を上げる意味は薄くなります。逆に工事規模が3,000万円を超え、かつCO2削減量が28t-CO2に届く見込みがあるのであれば、助成率が3分の2から4分の3へ上がる大幅削減区分を狙う価値が生じます。

ここで注意すべきは、省エネ診断のリードタイムです。クール・ネット東京は、省エネ診断について多くの申込みを受けており報告書の提出まで時間を要する場合があると公表しています。一方で、地球温暖化対策ビジネス事業者が行う省エネコンサルティング事業については、省エネ診断と同等の内容および水準による診断を実施しており、比較的短期間での案内が可能とされています。診断受診が必要な区分を選ぶのであれば、省エネコンサルティング事業の活用を早い段階で検討することが賢明です。

もう一点、採択方式にも独自の性格があります。本事業は各回の交付申請において公社が定める予算を超過した場合、受付期間に申請のあった全件を対象に抽選が行われます。先着順ではないため、受付初日に駆け込む実益はありません。ただし抽選の有無にかかわらず、書類の過不足や要件不十分、記載不備によって不交付決定となる可能性があるとされており、書類精度を落としてよい理由にはならない点を冷静にご判断ください。

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助成対象となる事業者と事業所の範囲

対象となる事業者の類型

助成対象事業者は、都内において中小規模事業所を所有し、又は使用する中小企業者等です。具体的には、中小企業基本法第2条第1項に規定する中小企業者のほか、個人事業主、学校法人、一般社団法人・一般財団法人・公益社団法人・公益財団法人・特定非営利活動法人、医療法人、社会福祉法人が含まれます。中小企業者の定義は次のとおりです。

資本金基準と従業員基準のいずれかを満たせば中小企業者に該当します。複数の業種を営む場合は売上高が大きいほうを主たる業種とし、売上高が同じ場合には各事業の従業員数から判断します。なお、製造小売は小売業として扱われます。常時使用する従業員には事業主本人とその三親等以内の生計を一にする親族、法人の役員、臨時の従業員は含まれません。

一方で、形式的に中小企業者に該当していても、大企業との資本関係によって除外される場合があります。一の大企業又はその役員が発行済株式総数の2分の1以上を所有している場合、複数の大企業又はその役員が3分の2以上を所有している場合、一の大企業の役員又は職員が当該中小企業者の役員総数の2分の1以上を兼務している場合は対象外です。また、LLP（有限責任事業組合）および任意グループも対象ではありません。個人事業主の場合は、管轄の税務署に所得税法第229条に基づく開業届を提出している必要があります。

中小規模事業所とは何か

助成対象事業所は、都内に設置されている事業所（建物又は施設）又は事業所内に設置されている事務所・営業所等であって、年間の原油換算エネルギー使用量が1,500kL未満のものと定義されています。区分所有の場合は助成対象事業者の所有部分で判断します。なお、共通の所有者が存在する建物等が隣接・近接している場合は、事業所範囲のとらえ方によって対象外となる場合があるため、東京都の特定温室効果ガス排出量算定ガイドラインで確認が必要です。

申請できる範囲と住居部分の扱い

申請範囲は、事業所を所有する場合は登記上、所有権を有する範囲までとされ、事業所を使用する場合は賃貸借契約等における専有面積が範囲となります。ただし、申請範囲に住居部分を含めることはできません。住居と事務所等の兼用施設の場合は、申請範囲が事業専用部分であることを明確にする必要があります。賃貸マンションの住戸や社宅の居室を対象に含めようとする申請は、この規定に抵触します。

建物が共有ないし区分所有の場合は、所有者全員の共同申請とするか、他の所有者の許可を得たうえで申請します。複数の所有者で共同申請する場合は共同申請者のうち1名を代表者とすることができますが、いずれの場合も共有者および区分所有者はすべて助成対象事業者の要件を満たしていなければなりません。

助成対象設備と助成対象経費の線引き

助成対象となる省エネ設備は、都内中小クレジット算定ガイドラインに定める都内中小クレジットの対象となる削減対策項目に掲げる要件に該当する設備です。募集要項では、高効率空調設備、全熱交換器、LED照明設備、高効率ボイラー、高効率変圧器、断熱窓、高効率コンプレッサ、高効率冷凍冷蔵設備などが例示されています。導入する設備がこれらに該当しない場合でも、所定の省エネ効果が見込まれ、かつ公社が認める設備であれば対象となる余地があります。

加えて、設備の入替えを伴わない運用改善の実践も助成対象です。人感センサー等の導入や照明スイッチの細分化工事といった、既存設備を適切に運転してエネルギーロスを抑制する取組がこれにあたります。設備更新の予算が組めない事業者にとって、運用改善から着手できる設計になっている点は実務上の意義が大きい部分です。

助成対象設備の一覧と設備ごとの要件

募集要項が例示する8種類の省エネ設備について、都内中小クレジット算定ガイドラインに定められている要件の概要と、実務上想定される更新場面を整理します。重要なのは、設備の名称が一致していれば対象になるのではなく、機種ごとの効率基準を満たしていることが要件だという点です。

この8種類に該当しない設備であっても、所定の省エネ効果が見込まれ、かつ公社が認める設備であれば助成対象となる余地があります。給湯器や高効率モータ、EMS（エネルギーマネジメントシステム）といった設備が検討対象に入る案件もあります。導入予定の設備が要件を満たすかどうかは、交付申請時に仕様書又はカタログで基準値の該当箇所を示して立証する必要があります。

対象となる経費・ならない経費

ここで実務上つまずきやすいのが撤去費の扱いです。既存設備等の撤去・処分に必要な経費は助成対象外とされています。しかし募集要項は同時に、省エネ設備の導入においては設備を更新することが要件となるため、既存設備等の撤去工事費用は必ず見積書に記載するよう求めています。助成対象外だから見積書から省いてよいという話ではなく、更新であることを証明する材料として記載が必須である、という構造です。この一点を誤解して見積書を作り直すことになる事案は珍しくありません。

また、過剰と見なされるもの、増設されるもの、将来用・兼用・予備用のもの、そして施工業者等からの還付等に伴い助成対象者が実質的に負担していないとみなされる経費は対象となりません。各項目の費用が助成対象事業を行うために必要かつ不可欠であることの証明責任は、助成事業者側が負うと明記されています。

自社・グループ会社から調達する場合の利益排除

助成対象経費の中に、自社又は資本関係にある会社からの調達分が含まれる場合には、利益等排除の対象となります。自社調達および100%同一の資本に属するグループ企業からの調達では、調達品の製造原価又は工事原価をもって助成対象経費とします。原価を証明できない場合は、直近年度の決算報告における売上総利益率をもって市場流通価格から利益相当額を排除します。持株比率20%以上100%未満の関係会社からの調達では、原価に販売費及び一般管理費を加えた額が助成対象経費となります。

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令和8年度の受付スケジュールと申請の流れ

令和8年度（2026年度）の交付申請は全6回に分けて受け付けられます。第3回までの受付はすでに終了しており、令和8年（2026年）8月時点で次に控えているのは第4回です。

各受付期間は開始日の9時から最終日の17時まで（必着）です。申請は原則として電子申請であり、メールアドレス認証フォームで認証を行ったうえで交付申請フォームから提出します。受付終了時刻の間近は回線が混雑して申請が完了できない可能性があるとされているため、最終日の夕方に作業を残さない段取りが必要です。

交付決定から工事完了までの実務

申請から交付決定までには概ね2か月を要するとされています。審査内容や申請件数によって前後するため、工事の着工時期から逆算した計画が不可欠です。交付決定を受けたのち、助成事業者は速やかに助成事業の実施に必要な契約を締結し、事業に着手します。

契約にあたっては、売買・請負その他の契約を競争に付さなければならず、最安値の見積書を提示した業者と契約を締結する必要があります。見積書は3社以上から取得し、取得したすべての見積書を添付します。見積書は発行後3か月以内のもので、見積り基準等を明記して費用の算出根拠を示し、一式表記は行わないこととされています。「機器据付費一式 2,000,000円」のように算出根拠が明確に記載されていない場合、助成対象経費とはみなされません。一括値引きも認められません。

工事完了の日は、設置工事および設備の試運転の完了と、助成対象経費全額の支出完了をもって判定されます。工事請負業者等への代金支払方法は、原則として検収翌月末までに金融機関による振込で行う必要があり、クレジット契約、割賦契約、手形、相殺等による支払は認められません。工事完了届は、助成事業が完了した日から起算して30日以内に提出します。

申請から入金までの流れ

申請から交付決定までは概ね2か月を要し、そこから工事契約・着工・完了・完了届提出・審査・入金と進みます。交付申請から助成金の入金までの全体スケジュールとしては、半年から1年程度を見込んでおく必要があります。設備の老朽化が進んでいて更新を急ぐ案件では、この期間を許容できるかどうかが制度活用の前提条件になります。

交付申請時の主な提出書類

交付申請では20種類を超える書類の提出が求められます。とくに取得に日数を要する公的書類と、施工業者の協力が必要な書類は、受付期間の直前に着手すると間に合いません。

実務の負荷が集中するのは、機器配置図と仕様書、そしてエネルギー購買伝票です。機器配置図は既存・導入の双方について、省エネ計算シート又は省エネ診断報告書と整合の取れる図記号を記載する必要があり、施工業者との連携なしには成立しません。電気やガスの検針票を1か年分そろえる作業も、経理担当者に早めに依頼しておくべき項目です。

工事完了届の提出にあたっては、工事写真（施工前・施工中・施工後）、試運転結果報告書、マニフェスト伝票A票の写し、フロン類の回収を確認できる書類、請求書と支払の証憑、導入設備の機器一覧表と機器配置図などが必要です。マニフェスト伝票については、提出できない場合には助成金を交付できないことがあると明記されています。

なお、助成事業の事業期間は工事完了の届出を行った日の属する年度の翌年度から起算して2箇年度目の末日までとされ、この期間中は地球温暖化対策報告書を都に毎年度継続して提出する義務が課されます。工事が終われば終わりという制度ではなく、その後2年度にわたる報告義務が残ることを、申請前に事業者へ説明しておく必要があります。

見落とされやすい必須要件 地球温暖化対策報告書制度

本事業には、他の補助金には見られない固有の要件があります。それが地球温暖化対策報告書の提出です。助成対象設備を導入する事業所について、工事完了の届出に合わせて地球温暖化対策報告書データを提出しなければなりません。この要件を知らないまま申請準備を進め、完了届の段階で慌てる事例が後を絶ちません。

地球温暖化対策報告書制度は、都内で中小規模事業所を所有又は使用している事業者を対象に、各事業所のCO2排出量と地球温暖化対策の状況等を東京都に報告する制度です。対象となるのは、燃料・熱・電気の使用量を原油に換算した合計量が年間1,500kL未満の都内のすべての中小規模事業所です。自動車・鉄道・船舶・航空機等の運行に伴うもの、住居、都外の施設は対象から除かれます。

報告内容は、2030年度に向けた省エネと再エネ利用の目標・計画、実績年度のCO2排出量（エネルギー等の使用量）、実績年度の地球温暖化対策の実施状況の3点です。作成は都環境局のホームページから作成ツールをダウンロードして行い、原油換算やCO2排出量への換算は自動計算されます。提出はオンラインで完結し、印刷・郵送は不要です。

テナントビルの場合の考え方は、本助成金の申請範囲とも直結します。所有者（オーナー）と使用者（テナント）の双方が対象事業者となり、オーナーの報告範囲はビル全体、テナントの報告範囲は賃貸部分のみです。自社所有ビルか、テナント入居か、あるいは賃貸ビルのオーナーとして共用部を更新するのかによって、報告主体と範囲が変わります。

なお、都が公表する直近の提出実績によれば、令和7年提出分は義務提出254事業者・任意提出3,248事業者の合計3,502事業者、事業所数は33,926事業所、CO2排出量は531万tとなっています（令和8年3月31日時点）。任意提出が義務提出を大きく上回る構造は、本助成金をはじめとする支援策の受給要件として報告書提出が組み込まれていることの反映と整理されます。

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申請実務でつまずきやすい論点

交付決定前の契約・発注は例外なく対象外

募集要項の冒頭に置かれた注意事項として、助成対象経費について交付決定前に発注・契約等を行っていた場合は助成金を交付できないと明記されています。違反した場合は交付決定およびその他の決定が取り消され、すでに助成金が交付されている場合には年10.95%の利率による加算金を加えて返還することになります。設備業者から「先に契約だけ進めましょう」と提案された場合、この一点で案件が消えるおそれがあると理解する必要があります。

申請区分と設備は申請時点で確定する

交付申請後の区分変更・金額修正は一切受け付けられず、審査中の設備再選定も原則として認められません。省エネ計算の精度が甘いまま申請すると、後から取り返す手段がありません。既存設備の型番・台数・稼働時間を実測ベースで押さえたうえで、CO2削減量が要件を満たすかを事前に確定させておく作業が、申請書作成そのものよりも重要です。

削減要件を満たすための数字の操作は認められない

省エネ計算シートについて、募集要項は、設備の更新時には現行の性能や仕様を維持して実施すること、削減要件を満たすことを目的に稼働時間や設置台数を意図的に操作した場合は助成金交付が認められない可能性があることを明記しています。3t-CO2の閾値に届かせるために稼働時間を過大に見積もる手法は、審査で否定されると考えるべきです。

1事業者1事業所という申請枠の制約

各回で一つの事業者が申請できるのは一つの事業所のみです。また、一つの事業者が同一事業所を申請できるのは年度に一回までとされています。一つの事業者から複数の申請があった場合は、はじめに申請されたものが受理されます。複数拠点を持つ事業者が全拠点を一気に更新しようとしても、この制度では回を分けて申請する設計になります。

不備の修正には60日の期限がある

申請書類に不備がある場合、公社が修正を求めた日の翌日から起算して60日以内に修正を行わないときは、その申請は撤回したものとみなされます。工事完了届についても同様に60日以内の修正が求められます。担当者の異動や施工業者との連絡遅延で放置すると、申請そのものが消滅する仕組みです。

法令遵守が不交付事由になる

募集要項は、各種法令を遵守していない場合は不交付決定となると明記したうえで、3点を具体的に挙げています。第一に、建設業の許可を受けずに税込500万円以上の工事に係る見積書を発行することや請け負うことは建設業法違反となります。一つの工事を2以上の契約に分割して請け負う場合でも、各契約の請負代金の額の合計が税込500万円以上となる場合は許可が必要です。第二に、電気工事業法により契約額にかかわらず電気工事業登録が必要です。第三に、行政書士でない者が報酬を得て官公署に提出する書類等の作成を業として行うことは行政書士法違反となります。施工業者が無償を装って申請書類一式を作成するようなスキームは、この規定に照らして慎重な検討を要します。

不正が疑われる典型的な行為として整理されるのは、値引きやキャッシュバック分を差し引かずに助成額を申請すること、契約書を二重に作成して助成対象経費を水増しすること、他の補助金との併給を隠して申請することです。募集要項は、偽りその他不正の手段により手続きを行った場合の措置として、不交付決定、交付決定の取消し、助成金の返還請求、年10.95%の違約加算金の納付請求、一定期間にわたり助成対象者の対象外とすること、氏名又は名称および不正内容の公表を挙げています。これらの措置は助成事業者だけでなく、手続代行者および施工業者にも及びます。申請者から業務を受託した者が不正手続き等を行ったときは、当該申請者が受託者と共に不正手続き等を行ったものとみなされる点にも留意が必要です。

他の支援制度との併用関係

省エネ設備の導入を支援する制度は国・都・区市町村に複数存在します。本事業と他制度をどう組み合わせられるかは、実際の自己負担額を左右する重要な論点です。

実務上とくに見落とされやすいのが、助成金と省エネ促進税制の関係です。両者は択一であり、助成金を受ければ事業税の減免は使えません。助成対象経費が小さく助成額が限定的な案件では、税制を選んだほうが有利になる可能性もあります。設備投資額と課税所得の水準を並べたうえで、早い段階で比較検討することが賢明です。

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まとめ

よくあるご質問

Q1．LED照明への交換だけでも申請できますか

Q2．賃貸ビルのオーナーですが申請できますか

Q3．テナントとして入居していますが申請できますか

Q4．省エネ診断は必ず受診しなければなりませんか

Q5．交付決定までどのくらいかかりますか

Q6．抽選になると聞きましたが早く申請したほうが有利ですか

Q7．リースやESCOで設備を導入する場合も対象になりますか

Q8．申請書類の作成を施工業者に任せても問題ありませんか

Q9．助成金はいつ入金されますか

Q10．工事完了後に守るべき義務はありますか

省エネ設備投資の助成金申請は壱市コンサルティングへ